在自然界，和祖母綠相似的綠色透明寶石種類不少，較常見的有翡翠、碧璽、螢石、橄欖石、石榴石和鋯石等，其中外觀酷似祖母綠而容易混淆的是碧璽、螢石和翡翠。以肉眼觀察，綠色翡翠一般都呈半透明狀，往往有交織纖維斑狀結構，而優質祖母綠透明晶瑩。祖母綠的硬度7.5-8，而螢石硬度低，僅為4。祖母綠比重較小，而螢石、碧璽、翡翠的比重都較大。鋯石則色散強并具有明顯的雙影。

此外，還有與天然祖母綠相似的人工祖母綠、綠色玻璃等，它們之間最大的區別之處是天然祖母綠絕大多數有瑕疵或包體，并可見二色性。當然，要嚴格正確的區分最好運用折光儀、偏光鏡等鑒定儀器。